Laboratorio de Bioinformática Estructural

Investigación

Líneas de investigación

Desarrollo de fármacos orientado a patógenos desatendidos: desarrollamos servidores web que permiten la consolidación de datos basados en todo el genoma de diversas fuentes en diferentes etapas de procesamiento, enfocándose en el análisis estructural de proteínas y la predicción de sus usos como targets farmacológicos. Al permitir la integración y la ponderación de esta información, esta herramienta bioinformática tiene como objetivo facilitar la identificación de targets farmacológicos.
Estudio de la relación estructura función en proteínas quinasas: estamos interesados en entender los mecanismos de acción de proteínas quinasas, incluyendo su actividad catalítica, la regulación alostérica y las interacciones con otras proteínas a nivel molecular, con un foco en MAPKs y proteínas quinasas de Mycobacterium tuberculosis.
Bioinformática traslacional médica: desarrollamos herramientas para analizar datos de secuenciación de exomas y genomas completos, y vincular polimorfismos de un único nucleótido (SNPs) con el fenotipo de los pacientes.

Posiciones Disponibles

Estudiantes motivados/as, becarios doctorales y postdoctorales interesados/as contactarse con el Dr. Adrián Turjanski.

Publicaciones

Aromatic clusters in protein–protein and protein–drug complexes. L Esteban, MA Marti, AG Turjanski. Journal of Cheminformatics 12(1).

Conformational and Reaction Dynamic Coupling in Histidine Kinases. Insights from hybrid QM/MM simulations. Federico Alberto Olivieri, Osvaldo Burastero, Salvador Drusin, Lucas A Defelipe, Diana E Wetzler, Adrian Gustavo Turjanski, Marcelo A Marti. Journal of Chemical Information and Modeling.

MRSA dynamic circulation between the community and the hospital setting: New insights from a cohort study. Danilo Barcudi, Ezequiel J Sosa, Ricardo Lamberghini, Analía Garnero, Dario Tosoroni, Laura Decca, Liliana Gonzalez, María A Kuyuk, Teresa Lopez, Ivana Herrero, Paulo Cortes, Myrian Figueroa, Ana L Egea, Paula Gagetti, Darío A Fernandez Do Porto, Alejandra Corso, Adrián G Turjanski, José L Bocco, Claudia Sola. Journal of Infection 80 (1), 24-37

Kinase Activation by Small Conformational Changes. Elias D Lopez, Osvaldo Burastero, Juan P Arcon, Lucas A Defelipe, Natalie G Ahn, Marcelo A Marti, Adrian G Turjanski. Journal of chemical information and modeling.

AutoDock Bias: improving binding mode prediction and virtual screening using known protein–ligand interactions. Juan Pablo Arcon, Carlos P Modenutti, Demian Avendaño, Elias D Lopez, Lucas A Defelipe, Francesca Alessandra Ambrosio, Adrian G Turjanski, Stefano Forli, Marcelo A Marti. Bioinformatics 35 (19), 3836-3838

Cosolvent-based protein pharmacophore for ligand enrichment in virtual screening. Juan Pablo Arcon, Lucas A Defelipe, Elias D Lopez, Osvaldo Burastero, Carlos P Modenutti, Xavier Barril, Marcelo A Marti, Adrian G Turjanski. Journal of chemical information and modeling 59 (8), 3572-3583.

Reverse Engineering of an Aspirin-Responsive Transcriptional Regulator in Escherichia coli. Lummy Maria Oliveira Monteiro, Letı́cia Magalhães Arruda, Ananda Sanches-Medeiros, Leonardo Martins-Santana, Luana de Fátima Alves, Lucas Defelipe, Adrian Gustavo Turjanski, Marı́a-Eugenia Guazzaroni, Vı́ctor de Lorenzo, Rafael Silva-Rocha. ACS synthetic biology 8 (8), 1890-1900

An active platform for integrated optics. Ian S Osborne, Giovanny A Parada, Zachary K Goldsmith, Scott Kolmar, Belinda Pettersson Rimgard, Brandon Q Mercado, Leif Hammarström, Sharon Hammes-Schiffer, James M Mayer, Elias M Oziolor, Noah M Reid, Sivan Yair, Kristin M Lee, Sarah Guberman VerPloeg, Peter C Bruns, Joseph R Shaw, Andrew Whitehead, Cole W Matson, Julia Fahrenkamp-Uppenbrink, Pathikrit Bhattacharya, Robert C Viesca, Valda Vinson, Paul Voosen, Jeremy C Wells, Rudolf I Amann, Shakuntala Baichoo, Benjamin J Blencowe, Peer Bork, Mark Borodovsky, Cath Brooksbank, Patrick SG Chain, Rita R Colwell, Daniele G Daffonchio, Antoine Danchin, Victor de Lorenzo, Pieter C Dorrestein, Robert D Finn, Claire M Fraser, Jack A Gilbert, Steven J Hallam, Philip Hugenholtz, John PA Ioannidis, Janet K Jansson, Jihyun F Kim, Hans-Peter Klenk, Martin G Klotz, Rob Knight, Konstantinos T Konstantinidis, Nikos C Kyrpides, Christopher E Mason, Alice C McHardy, Folker Meyer, Christos A Ouzounis, Aristides AN Patrinos, Mircea Podar, Katherine S Pollard, Jacques Ravel, Alejandro Reyes Muñoz, Richard J Roberts, Ramon Rosselló-Móra, Susanna-Assunta Sansone, Patrick D Schloss, Lynn M Schriml, João C Setubal, Rotem Sorek, Rick L Stevens, James M Tiedje, Adrian Turjanski, Gene W Tyson, David W Ussery, George M Weinstock, Owen White, William B Whitman, Ioannis Xenarios, Kip Hodges, Kollen Post. Science 364 (6439), 448-448

Gordon Holmes syndrome caused by RNF216 novel mutation in 2 Argentinean siblings. Cristian R Calandra, Yamile Mocarbel, Sebastian A Vishnopolska, Vanessa Toneguzzo, Jaen Oliveri, Enrique Carlos Cazado, German Biagioli, Adrián G Turjanksi, Marcelo Marti. Movement disorders clinical practice 6 (3), 259.

Toward unrestricted use of public genomic data. Rudolf I Amann, Shakuntala Baichoo, Benjamin J Blencowe, Peer Bork, Mark Borodovsky, Cath Brooksbank, Patrick SG Chain, Rita R Colwell, Daniele G Daffonchio, Antoine Danchin, Victor De Lorenzo, Pieter C Dorrestein, Robert D Finn, Claire M Fraser, Jack A Gilbert, Steven J Hallam, Philip Hugenholtz, John PA Ioannidis, Janet K Jansson, Jihyun F Kim, Hans-Peter Klenk, Martin G Klotz, Rob Knight, Konstantinos T Konstantinidis, Nikos C Kyrpides, Christopher E Mason, Alice C McHardy, Folker Meyer, Christos A Ouzounis, Aristides AN Patrinos, Mircea Podar, Katherine S Pollard, Jacques Ravel, Alejandro Reyes Muñoz, Richard J Roberts, Ramon Rosselló-Móra, Susanna-Assunta Sansone, Patrick D Schloss, Lynn M Schriml, João C Setubal, Rotem Sorek, Rick L Stevens, James M Tiedje, Adrian Turjanski, Gene W Tyson, David W Ussery, George M Weinstock, Owen White, William B Whitman, Ioannis Xenarios. Science 363 (6425), 350-352

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