Felicitamos al Lic. Marcelo Gamarra (@marcegamarraok), del Laboratorio de Bioinformática, y a la Dra. María Eugenia Dieterle, del Laboratorio de Bacteriófagos y Aplicaciones Biotecnológicas, por la publicación del trabajo “Unveiling crucial amino acids in the carbohydrate recognition domain of a viral protein through a structural bioinformatic approach” en la revista Glycobiology.
En este artículo, los autores abordaron el desafío de entender cómo el módulo de unión a carbohidratos (CBM2 en este caso), ubicado en la placa base del bacteriófago J-1, interactúa con los carbohidratos de la pared celular de su huésped (Lactobacillus casei / paracasei). Debido a la flexibilidad y diversidad de los carbohidratos resulta difícil resolverlos de manera experimental, por lo cual el modo de unión CBM2-carbohidrato sigue siendo poco comprendido. En este sentido, se empleó un pipeline bioinformático integrando técnicas de docking molecular guiado y simulaciones de dinámica molecular para identificar los aminoácidos clave en esta interacción, lo cual permitió identificar tres aminoácidos cruciales para la unión y luego validarlo experimentalmente, ofreciendo una nueva herramienta para entender mejor las interacciones entre proteínas y carbohidratos.